Misteri di Balik Hubungan adalah kisah romance yang mengisahkan hubungan unik antara Saionji Ritsu dan Alka Saegusa. Ritsu adalah sosok yang dingin, pendiam, namun cerdas, sementara Alka memiliki kepribadian elegan, sedikit jahil, tetapi juga tsundere dengan sisi manis yang hanya terlihat pada orang terdekatnya.

Di permukaan, hubungan mereka penuh dengan godaan dan interaksi canggung, tetapi semakin dalam, terungkap bahwa mereka sebenarnya memiliki masa lalu yang terlupakan. Ritsu, yang masih mengingat hubungan mereka di masa kecil, memilih untuk diam dan menjaga jarak, sedangkan Alka perlahan mulai menyadari ada sesuatu yang lebih dari sekadar perasaan aneh setiap kali bersama Ritsu.

Di tengah kehidupan sekolah yang tenang, misteri mulai terkuak ketika Alka menemukan bukti tentang masa lalu mereka. Namun, di balik itu semua, Ritsu menyimpan identitas lain sebagai pemimpin geng 'Diamond King', sesuatu yang tak pernah Alka duga. Seiring dengan berkembangnya perasaan mereka, Alka harus menghadapi kenyataan tentang siapa Ritsu sebenarnya dan bagaimana masa lalu mereka berhubungan dengan masa kini.

Dibumbui dengan romance, slice of life, serta elemen action/martial arts, kisah ini mengeksplorasi bagaimana hubungan mereka berkembang dari sekadar interaksi biasa menjadi sesuatu yang lebih dalam, diwarnai oleh rasa penasaran, kepercayaan, dan perasaan yang semakin sulit disangkal.